Khu vực xung quanh Abiko đã có người ở kể từ thời đồ đá cổ của Nhật Bản, và các nhà khảo cổ đã tìm thấy các công cụ bằng đá có từ 30.000 năm trước. Trong thời kỳ Edo, Abiko là một cảng sông trên sông Tone và một trạm bưu điện trên Mito Kaidō, một đường cao tốc nối Edo với Mito. Sau khi Minh Trị phục hồi, Thị trấn Abiko được thành lập ở quận Minamisoma, tỉnh Chiba vào ngày 1 tháng 4 năm 1889, cùng với thị trấn Fusa và làng Kohoku. Abiko được chuyển đến quận Higashikatsushika vào năm 1897. Vào ngày 1 tháng 11 năm 1954, nó sáp nhập làng Tomise lân cận từ cùng một quận. Vào ngày 29 tháng 4 năm 1955, Abiko sáp nhập Fusa Town và Kohoku Village. Abiko đạt được trạng thái thành phố vào ngày 1 tháng 7 năm 1970. Năm 2003, một đề xuất sáp nhập Abiko với thành phố lân cận Kashiwa và thị trấn Shōnan đã bị đánh bại bởi một cuộc trưng cầu dân ý. Các bộ phận của thành phố đã bị hư hại do hóa lỏng đất do trận động đất và sóng thần Tōhoku 2011.